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微生物多样性检测

 

产品介绍

 

 

 

菌群多样性组成谱测序研究

 

 

菌群多样性组成谱测序以细菌/古菌 16S rRNA 基因可变区、真菌 18S rRNA 基因可变

区或真菌 ITSInternal transcribed spacer)内转录间隔区等微生物特征序列(Signature

sequence)为靶点,通过检测序列的变异和数量,反映菌群中各类微生物物种的身份和丰

度,从而快速解码菌群物种分布特征,阐明样本间多样性和组成差异,进而发现差异相关物种。

   

产品特点

 

1. 直接对菌群样本中的微生物特征序列进行扩增检测,简单快速且性价比高,并克服了绝大部分微生物无法纯培养的难题;

 

2. 自动化、专业的 DNA 提取流程,配合高保真 DNA 聚合酶进行 PCR 扩增,并严格把控扩增循环数,确保菌群组成客观真实;

 

3. 使用 Illumina MiSeq 的小型化测序平台,周期更短,读长更长(2´300 bp),每个样本都能一次性获得数万条序列,即使低丰度物种也能精确定量;

 

4. 多种物种注释数据库可选,根据样本来源按需选择

 

Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM 等数据库,最优化物种的分类鉴定;

 

5. 可对菌群进行代谢功能预测,通过组成数据,解读潜在功能,并能指导后续宏基因组测序研究。


 

实验流程

 

微生物组总 DNA 提取目标片段 PCR 扩增扩增产物检测定量测序文库制备上机进

 

行高通量测序

   

技术路线  


 典型分析结果展示

 


 

菌群物种分类组成的 Krona 交互展示图

 

 UniFrac PCoA 分析的样本三维排序图


 

LEfSe 组间差异物种的显著性排序图

 

LEfSe 组间差异物种的分类等级树图


 

RDA 约束排序图


 

物种互作关联网络图

 

基于 16S rRNA 基因的 PICRUSt 功能预测小提琴图


   

值得一试的深度分析内容

 

分析项目

分析要求

 

 

CAP 主坐标典型相关分析

分组2

 

 

菌群分型(Enterotype)分析

样本20

 

 

ROC 曲线建模验证分析

分组2

 

 

OTU样本二分网络分析

样本3

 

 

物种——功能一致性 Circos 分析

样本3